В подобной ситуации стоит проверить, есть ли у Loginom (у учетной записи пользователя, запускающей Loginom) полный доступ к папке C:\ProgramData\BaseGroup\Loginom 6\Server\.
Обычно данная проблема возникает при изменении прав доступа к указанной папке. Таким образом, часть учетных записей пользователей, созданная до изменения прав, будет присутствовать после перезагрузки сервера, а новые — пропадут.
Также, возможно, стоит посмотреть, какие сообщения об ошибках появляются в логе Loginom Server при добавлении новых учётных записей на странице администрирования.