Python из дистрибутива Anaconda не поддерживается. Ссылка на справку.
Можно поставить "чистый" Python 3.9 не системным интерпретатором и не прописывать в путь (инсталлятор об этом заботливо спрашивает), и указать полный путь до его библиотеки python39.dll в настройках loginom.
В этом случае они прекрасно уживутся с Анакондой