Узлы Цикл и Выполнение узла внутри себя хранят копию того узла, на который они настроены, и все действия выполняют с этой копией.
Параметр "Сохранять конфигурацию выбранного узла" отвечает за сохранение конфигурации внутренней копии в случае, если она отличается от конфигурации исходного узла. Такая ситуация может быть, если внутри Цикла/Выполнения узла есть узлы, требующие переобучения. Тогда при установленном флаге переобученная модель будет сохранена внутри Цикла/Выполнения узла. При последующей активации Цикла/Выполнения узла будет использована переобученная копия.
Если флаг отключить, то обученная модель не будет сохранена, а конфигурация внутренней копии будет сброшена до исходной перед следующей активацией Цикла/Выполнения узла.
Снимать флаг "Сохранять конфигурацию выбранного узла" имеет смысл для экономии памяти, в случае, если не требуется переобучение узлов.