Алгоритм формирования последовательности выполнения узлов просматривает цепочку узлов с ее конца. И, если выходной порт узла ни с чем не связан, то он не включается в последовательность выполнения, и, соответственно, не выполняется.
У узлов экспорта нет выходных портов с данными, поэтому для включения их в последовательность выполнения используются служебные порты порядка выполнения. Эти порты отображаются при помощи кнопки 
панели инструментов.
Для решения вашей задачи, выходной порт порядка выполнения узла экспорта необходимо соединить связью с выходным портом подмодели. Подобные связи порядка выполнения отображаются в сценарии пунктиром (см. рисунок ниже).
В этом случае активация выходного порта подмодели (а значит и самой подмодели) произойдет только после выполнения узла экспорта.
Следует отметить, что связи порядка выполнения имеют приоритет перед связями между портами с данными. Такие связи следует применять, например, в ситуации, когда необходимо согласовывать по времени выполнение параллельных процессов.
