Вы можете сделать логирование внутри самого сценария стандартными компонентами. Есть же компоненты экспорта, например, в БД или в файл, с помощью которых можно записывать в свой лог значения в контрольных точках сценария. Так же можно использовать узлы Цикла для перехвата и последующего логирования ошибок, возникающих на определенных этапах вашего сценария. Для этого используется настройка цикла "Игнорировать ошибки".
В единственной итерации цикла должна выполняться та часть сценария, в которой вы перехватываете ошибки. В этом случае в порту цикла "Статус выполнения итераций" выводится описание перехваченной ошибки, которую вы можете логировать в свой лог стандартными компонентами.