Добрый день. Параметры подключения, в том числе порт, указываются в поле "Строка подключения". Строка подключения имеет вид: host[:port][:database], параметры, заключенные в [] являются опциональными. Более подробная информация есть в справке.
Обратите внимание, что для подключения к ClickHouse Loginom использует протокол TCP, порт по умолчанию 9000.